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Digestion

Comment se développe le microbiote intestinal du bébé ? Par le Dr. Julien SCANZI

En résumé :  

  • Le microbiote, c’est “tout un monde” : des milliards de micro-organismes (bactéries, virus, levures…) qui vivent notamment dans l’intestin et participent à la digestion, l’assimilation et l’immunité. 
  • Équilibre = clé du confort : on vise une symbiose (microbiote + corps qui coopèrent) ; une dysbiose correspond à un déséquilibre pouvant s’accompagner de troubles digestifs, sans être systématique chez le bébé. 
  • Tout se joue très tôt : grossesse, naissance (voie basse/césarienne), environnement et contacts précoces (maman… et papa), puis allaitement, diversification et antibiotiques influencent l’évolution du microbiote pendant les 1000 premiers jours. 
  • Bien choisir les “biotiques” : probiotiques = micro-organismes vivants (effets souvent transitoires selon les souches), prébiotiques = “nourriture” des bonnes bactéries, symbiotiques = duo, postbiotiques = bactéries inactivées/composants utiles ; au quotidien, gestes simples + solution douce comme Calmosine Bébé DIG+ si besoin. 

Vous entendez très souvent parler de microbiote. On vous a même déjà conseillé de donner des probiotiques ou des prébiotiques à votre enfant. Vous ne savez jamais à quoi servent les uns ou les autres. Vous vous sentez perdu(e) ? Nous vous proposons de faire le point sur le vocabulaire du microbiote pour tout comprendre, avec notre expert, le Dr Julien Scanzi, gastro-entérologue spécialiste du microbiote. 

Sommaire :

Table des matières

Le microbiote, c’est quoi exactement ?

Le microbiote désigne l’ensemble des micro-organismes présents dans un écosystème donné. Outre le microbiote intestinal, dont il sera question plus en détail, on retrouve sur nous et en nous d’autres microbiotes (1) : buccal, pulmonaire, cutané, vaginal, urinaire…  

Mais c’est bien le microbiote intestinal qui est le plus intéressant pour notre santé. C’est aussi le plus riche en micro-organismes, avec pas moins de 40 000 milliards de bactéries (2) dans notre gros intestin, soit autant que de cellules humaines ! Et oui, nous sommes un peu (voire beaucoup) microbiens ! 

Micro-organismes : qui sont-ils et à quoi servent-ils ?

Ce sont des organismes vivants, microscopiques et donc invisibles à l’œil nu. Parmi ceux présents dans nos microbiotes, nous pouvons distinguer : 

  • Les bactéries : micro-organismes unicellulaires sans noyau (dits procaryotes), à structure très simple. Ils ne sont considérés ni comme animaux ni comme végétaux. On en trouve dans tous les milieux. 
  • Les virus : agents infectieux très petits qui ne peuvent se reproduire qu’en parasitant une cellule. Les virus s’attaquant aux bactéries sont appelés « phages » (ou bactériophages). 
  • Certains champignons microscopiques dont les levures. Les secondes sont des organismes unicellulaires arrondis avec noyau (eucaryotes), tandis que les premiers sont constitués de plusieurs cellules et de filaments. 
  • Les archées : organismes unicellulaires sans noyau, ressemblant aux bactéries mais possédant une génétique différente. 

Bactéries « bonnes » et « mauvaises » : faut-il vraiment les opposer ?

Vous vous posez toujours la même question : les fameuses bactéries dont on parle, sont-elles « bonnes » ou « mauvaises » ? Depuis des siècles, elles sont plutôt considérées comme des ennemis qu’il faut combattre à tout prix. Ceci étant, les recherches menées sur le microbiote intestinal depuis une vingtaine d’année tendent à montrer le contraire. 

Les « bonnes » bactéries nous maintiennent en bonne santé (elles facilitent notre digestion, l’assimilation des nutriments et stimulent l’immunité notamment). Nous pouvons citer les bifidobactéries. À l’inverse, il existe des « mauvaises » bactéries comme Escherichia coli, qui peuvent parfois déclencher des maladies. 

L’idéal est alors de trouver l’équilibre entre les « bonnes » et les « mauvaises », sachant que tout cela évolue au cours du temps, notamment en fonction de notre mode de vie et de notre alimentation. Et plus nous avons de « bonnes » bactéries, plus cela empêche la colonisation par des « mauvaises ». Les premières se nourrissent surtout de fibres et de végétaux. Les secondes raffolent du sucre et du gras. 

Microbiote et microbiome : quelle différence ?

Une colonisation à partir de la naissance

Ces deux notions reviennent souvent lorsqu’on parle du microbiote, et il est fréquent de les confondre. Pourtant, elles ne recouvrent pas exactement la même réalité. 

  • Le microbiote désigne l’ensemble des micro-organismes qui vivent dans un environnement donné, comme l’intestin. Ce sont eux qui interagissent chaque jour avec l’organisme. 
  • Le microbiome, quant à lui, correspond à l’ensemble de leur patrimoine génétique, c’est-à-dire l’ADN de tous ces micro-organismes. 

Pour le dire simplement, le microbiote représente les micro-organismes présents, tandis que le microbiome décrit tout ce qu’ils sont capables de faire grâce à leurs gènes. 

La symbiose : quand le microbiote travaille avec notre corps

La symbiose tire son origine du grec syn = « ensemble » et bios = « vie ». Il désigne l’association biologique, durable et réciproquement profitable, entre deux organismes vivants. Lorsque tout va bien, notre écosystème microbien vit en symbiose avec notre écosystème humain. Mais cette symbiose, nécessaire si l’on veut rester en bonne santé, est fragile et nécessite des précautions au quotidien pour être préservée. 

La dysbiose : quand l’équilibre du microbiote se dérègle

Dans le vocabulaire du microbiote, le terme de dysbiose est important à connaître. Il désigne le déséquilibre du microbiote entraînant des conséquences symptomatiques ou constituant une situation à risque pour l’hôte. Il s’agit d’une perte de la symbiose. Dans ce cas, notre écosystème microbien n’est plus adapté à notre organisme humain (ou l’inverse). Cela peut alors entrainer divers problèmes de santé, allant de simples troubles du transit à de nombreuses maladies chroniques.  

Le terme dysbiose est également souvent employé́ pour décrire une altération ou un déséquilibre du microbiote, avec en général un appauvrissement du microbiote, c’est-à-dire une perte de la richesse et de la diversité en micro-organismes. 

Quels signes peuvent évoquer un microbiote déséquilibré ?

Chez le nourrisson, certains signes digestifs peuvent parfois être associés à un microbiote intestinal encore immature ou déséquilibré. Toutefois, ces manifestations sont fréquentes au cours du développement normal du bébé et ne traduisent pas systématiquement un déséquilibre du microbiote, lequel évolue naturellement au cours des premiers mois de vie. 

Découvrez aussi : Le lien entre le microbiote et le sommeil, ainsi que le lien entre l’intestin et un bébé. 

Avant la naissance : quels facteurs influencent le microbiote du bébé ?

Contrairement à ce que l’on a longtemps pensé, l’histoire du microbiote de votre bébé ne commence pas uniquement à la naissance. Dès la grossesse, certains mécanismes se mettent en place et participent à préparer son futur équilibre intestinal (3).

Un microbiote moins riche et moins diversifié

Chez le nourrisson, le microbiote intestinal est encore en construction (4). Il est donc naturellement moins riche et moins diversifié que celui d’un enfant plus grand ou d’un adulte. Cette immaturité n’est pas inquiétante en soi : elle fait partie du développement normal. 

Cependant, certains facteurs peuvent ralentir ou modifier cette diversification progressive. On parle alors d’un microbiote appauvri, c’est-à-dire composé d’un nombre plus limité de micro-organismes. Cette situation peut influencer le confort digestif et le développement du système immunitaire (5), surtout lorsque l’équilibre met plus de temps à se mettre en place. 

L’évolution du microbiote maternel pendant la grossesse

Pendant la grossesse, le microbiote de la future maman évolue naturellement sous l’effet des changements hormonaux et physiologiques. Ces adaptations participent à la bonne progression de la grossesse et préparent également l’environnement du bébé à naître. 

Des recherches ont montré que le placenta n’est pas totalement dépourvu de micro-organismes. Il abrite un microbiote spécifique, composé de bactéries dites « commensales », c’est-à-dire présentes naturellement et sans effet indésirable (6). Ce microbiote placentaire serait impliqué dans le développement immunitaire du fœtus, bien avant la naissance. 

La naissance, moment clé pour le microbiote intestinal

La naissance marque une étape fondatrice dans la construction du microbiote de votre bébé. C’est à ce moment précis que son tube digestif, jusque-là quasi stérile, entre en contact avec une grande diversité de micro-organismes. 

Cette première colonisation correspond au tout premier dialogue entre l’organisme du bébé et le monde microbien qui l’entoure. Elle pose les bases de l’équilibre intestinal des mois à venir. 

Une colonisation dès les premiers instants de vie

Dès les premiers instants, le nouveau-né est exposé aux micro-organismes de son environnement proche. Ceux transmis par la maman jouent un rôle central, mais d’autres facteurs entrent également en jeu, comme le lieu de naissance ou les contacts précoces. 

Cette phase de colonisation initiale est particulièrement dynamique. Le microbiote évolue rapidement et reste très sensible aux influences extérieures durant les premiers mois. 

Le rôle du papa dans le développement du microbiote

Le papa a lui aussi un rôle à jouer dans cet « environnement microbien » des premiers jours. Les contacts peau à peau, les câlins, le portage, la participation aux soins (change, bain, habillage) ou encore la présence au quotidien exposent naturellement votre bébé à des micro-organismes familiers, qui contribuent à enrichir la diversité de son microbiote. Au-delà de cet apport “microbien”, cette implication favorise aussi un climat apaisé et sécurisant, ce qui soutient indirectement le bien-être global du bébé, y compris sur le plan digestif. 

nouveau-né dans les bras de son papa

Voie basse ou césarienne : quelles différences sur le microbiote ?

Le mode d’accouchement peut influencer la composition initiale du microbiote intestinal. Lors d’un accouchement par voie basse, le bébé est exposé aux bactéries vaginales et intestinales de sa maman (7), favorisant une colonisation plus diversifiée dès le départ. 

En cas de naissance par césarienne, la colonisation se fait différemment, avec une exposition plus marquée aux bactéries présentes sur la peau et dans l’environnement immédiat (8). La césarienne peut être indispensable pour la santé de la maman ou du bébé. Elle n’empêche pas le développement du microbiote, mais celui-ci peut évoluer selon un rythme un peu différent. 

La mise en place du microbiote après la naissance

Après la naissance, le microbiote de votre bébé continue de se transformer. Il s’enrichit progressivement au fil des semaines et des mois, sous l’influence de plusieurs facteurs du quotidien. 

Cette période est marquée par une grande plasticité : le microbiote s’adapte, se réorganise et gagne en diversité, en fonction des expériences vécues par le bébé. 

L’importance de l’allaitement maternel

Lorsqu’il est possible, l’allaitement maternel joue un rôle précieux dans le développement du microbiote intestinal. Le lait maternel contient naturellement des oligosaccharides, des composés que le bébé ne digère pas directement mais qui servent de véritable nourriture aux bonnes bactéries intestinales, notamment les bifidobactéries (9). 

En plus de ses apports nutritionnels, le lait maternel renferme de nombreux composants biologiquement actifs qui accompagnent la maturation du système immunitaire et du microbiote. Il évolue au fil du temps pour s’adapter aux besoins de votre bébé (10). 

Pour aller plus loin : tout savoir sur l’allaitement et le microbiote. 

L’impact de la diversification alimentaire

La diversification alimentaire constitue une nouvelle étape clé dans la construction du microbiote (11). L’introduction progressive des aliments solides permet d’enrichir la diversité bactérienne et d’accompagner l’apprentissage digestif. 

Les fruits, les légumes, les céréales et les aliments riches en fibres offrent aux bactéries intestinales de nouvelles ressources. Cette diversité alimentaire contribue à renforcer l’équilibre du microbiote et à soutenir le confort digestif sur le long terme. 

Les effets des antibiotiques sur le microbiote

Les antibiotiques peuvent être nécessaires dans certaines situations, mais ils ont aussi un impact sur le microbiote intestinal. En agissant sur les bactéries responsables d’une infection, ils peuvent également réduire temporairement la diversité des bactéries intestinales. 

Chez le nourrisson et le jeune enfant, cette période de fragilité du microbiote peut se traduire par un déséquilibre transitoire. Un accompagnement adapté peut alors aider à soutenir la reconstruction progressive de l’écosystème intestinal. 

Les 1000 premiers jours

Les recherches scientifiques mettent aujourd’hui en évidence l’importance d’une période clé pour la santé future : celle des 1000 premiers jours, qui s’étend de la conception jusqu’aux deux premières années de vie (12). 

Durant cette phase, le microbiote intestinal de l’enfant se développe rapidement et reste particulièrement sensible à de nombreux facteurs : mode d’accouchement, alimentation, environnement, prises médicamenteuses… Ces influences peuvent orienter durablement l’équilibre du microbiote. 

Un déséquilibre prolongé durant cette période, appelé dysbiose, peut être associé à une sensibilité accrue à certaines situations de santé plus tard dans la vie, comme les allergies ou les troubles métaboliques. 

Le rôle du microbiote dans la digestion

Chez votre bébé, le microbiote intestinal accompagne la digestion au quotidien. Il aide à transformer certains éléments de l’alimentation que son système digestif encore immature ne sait pas assimiler seul, notamment les fibres apportées progressivement par l’alimentation. Grâce à l’action complémentaire de différentes bactéries, ces éléments sont transformés en substances utiles au bon fonctionnement de l’organisme (13). 

Le microbiote participe aussi à une digestion plus fluide et à une meilleure assimilation des nutriments. Lorsqu’il est soutenu par une alimentation adaptée et un environnement apaisant, il contribue au confort digestif de votre bébé, en l’accompagnant pas à pas dans la maturation de son système digestif. 

Microbiote et système immunitaire : un lien étroit

Chez le bébé, le microbiote intestinal joue un rôle essentiel dans la mise en place et la maturation du système immunitaire, encore immature à la naissance.  

Dès les premiers jours de vie, les micro-organismes qui colonisent l’intestin interagissent avec les cellules immunitaires situées dans la paroi intestinale. Ces échanges contribuent à « éduquer » le système immunitaire, en l’aidant à distinguer progressivement ce qui est inoffensif (comme les aliments ou les bactéries bénéfiques) de ce qui peut être potentiellement nocif (14) 

Un microbiote diversifié et équilibré participe ainsi au développement de défenses adaptées, tout en favorisant une réponse immunitaire mesurée. Ce processus naturel, qui évolue tout au long des premiers mois de vie, est aujourd’hui reconnu comme un élément clé de la construction de l’immunité du nourrisson, sans pour autant être identique ni déterminant chez tous les bébés. 

Probiotiques : à quoi servent-ils vraiment ?

L’OMS définit les probiotiques comme « des micro-organismes vivants qui exercent, lorsqu’ils sont administrés en quantité́ adéquate, un effet bénéfique sur la santé de l’hôte ». On a déjà dû vous conseiller d’en donner à votre enfant (ou pour vous-même) par exemple après une prise de traitement antibiotique ou pour améliorer certains troubles digestifs de votre bébé. En gros, ce sont bien souvent des bactéries (par exemple des lactobacilles ou des bifidobactéries) ou des levures, censées être bénéfiques pour la santé. 

Malgré tout, ils ne sont pas tous équivalents et doivent vous être conseillés en fonction du profil de votre bébé et de l’indication (coliques du bébé, prévention de la diarrhée induite par les antibiotiques, gastroentérite…) et, si possible, en tenant compte des données scientifiques disponibles. Le plus souvent, les effets positifs sont transitoires, car ces micro-organismes bénéfiques ne vont pas s’implanter durablement dans votre colon et sont juste de passage. 

Prébiotiques : nourrir le bon microbiote

Les prébiotiques sont des « substrats qui sont utilisés sélectivement par les micro-organismes de l’hôte pour conférer des bénéfices sur la santé ». (15) En gros, c’est de la nourriture pour notre microbiote intestinal. On en trouve naturellement dans les fibres alimentaires (oligo ou polysaccharides, inuline), mais aussi dans le lait maternel (oligosaccharides du lait maternel). 

La bonne nouvelle ? Plus on apporte de ces prébiotiques à notre organisme, plus notre microbiote intestinal va s’enrichir en micro-organismes et notamment en « bonnes » bactéries (bifidobactéries par exemple).  

Les aliments riches en fibres à « effet prébiotique » sont notamment la chicorée, l’artichaut, l’asperge, le poireau, le brocoli, le topinambour, l’ail, oignon, les légumineuses (pois, lentille, haricot sec…), la banane, la pomme, les fruits secs, les graines (chia, lin…), les céréales complètes, les noix et autres oléagineux… Pensez à en ajouter dans les assiettes de votre enfant (et les vôtres !). Ainsi, vos microbiotes vous diront merci et vous aideront à rester en bonne santé. 

Symbiotiques : quand probiotiques et prébiotiques agissent ensemble

La symbiotique désigne l’association de prébiotiques et de probiotiques. Ce sont des micro-organismes vivants et de la nourriture pour ces micro-organismes. Ceci étant, cette combinaison doit être bénéfique à la santé de l’hôte pour être qualifiée de symbiotique. Actuellement, nous ne disposons encore que de peu de données sur l’efficacité́ clinique des symbiotiques. 

Comment soutenir naturellement le microbiote au quotidien ?

Soutenir naturellement le microbiote de votre bébé repose sur des gestes simples, respectueux de son rythme. L’alimentation, lorsqu’elle est adaptée et progressive, joue un rôle clé dans la maturation du microbiote intestinal. Prendre le temps des repasobserver les réactions de votre bébé et préserver un environnement calme contribuent également à son confort digestif. 

Lors de périodes d’inconfort digestif ou de pleurs liés à la digestion, une solution naturelle peut venir en soutien. Calmosine Bébé Dig+ pour les inconforts digestifs et pleurs du nourrisson est un gel apaisant à faire téter, utilisable dès la naissance. Sa formule d’origine naturelle associe la gomme d’acacia, le citron, la fleur d’oranger et une souche postbiotique (Lactobacillus helveticus HA122 tyndallisé), pensée pour accompagner en douceur l’équilibre digestif de votre bébé. 

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Postbiotiques....quésaco ?

Les postbiotiques, ne sont pas de bactéries vivantes, mais de composants issus de leur fermentation ou de bactéries inactivées, qui peuvent néanmoins avoir un intérêt pour accompagner le confort digestif. Cette approche peut être particulièrement rassurante quand on cherche une solution douce et adaptée aux tout-petits. 

À lire également : tout ce qu’il faut savoir sur le reflux du bébé et que faire lorsqu’un bébé régurgite. 

Microbiote et confort digestif : ce qu’il faut retenir

Le microbiote intestinal joue un rôle central dans le confort digestif de votre bébé, en particulier durant les premiers mois de vie. Son équilibre évolue progressivement, influencé par l’alimentation, l’environnement et les expériences du quotidien. 

En adoptant des gestes simples, en respectant le rythme de votre bébé et en vous appuyant, si besoin, sur des solutions naturelles adaptées, vous contribuez à créer un environnement favorable à son bien-être digestif. 

Chaque bébé est unique. L’essentiel est d’avancer pas à pas, avec confiance, en choisissant ce qui correspond le mieux à votre famille et à votre bébé. 

FAQ

Quels signes peuvent indiquer un microbiote en construction ou déséquilibré ?

Des coliques, des ballonnements, des selles irrégulières ou des pleurs liés à la digestion peuvent être fréquents chez les bébés. Ils ne signifient pas toujours un problème, mais reflètent souvent un microbiote encore en phase d’adaptation. 

Comment soutenir naturellement le microbiote de mon bébé ?

En respectant son rythme, en proposant une alimentation adaptée, en favorisant un environnement apaisant et en accompagnant les phases d’inconfort digestif avec des solutions douces lorsque nécessaire. 

Le microbiote joue-t-il un rôle dans l’immunité ?

Oui. Les bactéries intestinales interagissent avec le système immunitaire et participent à son apprentissage. Un microbiote diversifié aide l’organisme à mieux distinguer ce qui est inoffensif de ce qui ne l’est pas. 

L’accouchement influence-t-il le microbiote du bébé ?

Oui. Un accouchement par voie basse expose le bébé aux bactéries de sa maman, ce qui favorise une colonisation plus diversifiée. En cas de césarienne, la construction du microbiote se fait différemment, mais elle se met tout de même en place. 

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2️⃣ Le peau-à-peau

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