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Le vocabulaire du microbiote pour tout comprendre par le Dr. Julien SCANZI
En résumé :
- Bactéries, virus, levures et archées font partie des micro-organismes qui composent le vocabulaire du microbiote.
- Contrairement aux idées reçues, les bactéries ne sont pas toutes nuisibles : certaines, comme les bifidobactéries, facilitent la digestion et stimulent l’immunité.
- Comprendre le vocabulaire du microbiote aide à distinguer les « bonnes » et « mauvaises » bactéries évoquées au quotidien.
- Les recherches menées depuis une vingtaine d’années nuancent l’image négative longtemps associée aux bactéries dans le vocabulaire du microbiote.
Vous entendez très souvent parler de microbiote. On vous a même déjà conseillé de donner des probiotiques ou des prébiotiques à votre enfant. Vous ne savez jamais à quoi servent les uns ou les autres. Vous vous sentez perdu(e) ? Nous vous proposons de faire le point sur le vocabulaire du microbiote pour tout comprendre, avec notre expert, le Dr Julien Scanzi, gastro-entérologue spécialiste du microbiote.
Sommaire :
Table des matières
Micro-organismes
Ce sont des organismes vivants, microscopiques et donc invisibles à l’œil nu. Parmi ceux présents dans nos microbiotes, nous pouvons distinguer :
- les bactéries : micro-organismes unicellulaires sans noyau (dits procaryotes), à structure très simple. Ils ne sont considérés ni comme animaux ni comme végétaux. On en trouve dans tous les milieux ;
- les virus : agents infectieux très petits qui ne peuvent se reproduire qu’en parasitant une cellule. Les virus s’attaquant aux bactéries sont appelés « phages » (ou bactériophages) ;
- certains champignons microscopiques dont les levures. Les secondes sont des organismes unicellulaires arrondis avec noyau (eucaryotes), tandis que les premiers sont constitués de plusieurs cellules et de filaments ;
- les archées : organismes unicellulaires sans noyau, ressemblant aux bactéries mais possédant une génétique différente.
Bactéries : bonnes ou mauvaises ?
Vous vous posez toujours la même question : les fameuses bactéries dont on parle, sont-elles « bonnes » ou « mauvaises » ? Depuis des siècles, elles sont plutôt considérées comme des ennemis qu’il faut combattre à tout prix. Ceci étant, les recherches menées sur le microbiote intestinal depuis une vingtaine d’année tendent à montrer le contraire.
Les « bonnes » bactéries nous maintiennent en bonne santé (elles facilitent notre digestion, l’assimilation des nutriments et stimulent l’immunité notamment). Nous pouvons citer les bifidobactéries. À l’inverse, il existe des « mauvaises » bactéries comme Escherichia coli, qui peuvent parfois déclencher des maladies.
L’idéal est alors de trouver l’équilibre entre les « bonnes » et les « mauvaises », sachant que tout cela évolue au cours du temps, notamment en fonction de notre mode de vie et de notre alimentation. Et plus nous avons de « bonnes » bactéries, plus cela empêche la colonisation par des « mauvaises ». Les premières se nourrissent surtout de fibres et de végétaux. Les secondes raffolent du sucre et du gras.
Microbiote
Venons-en au sujet phare de cet article sur le vocabulaire du microbiote. Ce terme désigne l’ensemble des micro-organismes présents dans un écosystème donné. Outre le microbiote intestinal, dont il sera question plus en détail, on retrouve sur nous et en nous d’autres microbiotes : buccal, pulmonaire, cutané, vaginal, urinaire…Mais c’est bien le microbiote intestinal qui est le plus intéressant pour notre santé. C’est aussi le plus riche en micro-organismes, avec pas moins de 40 000 milliards de bactéries dans notre gros intestin, soit autant que de cellules humaines ! Et oui, nous sommes un peu (voire beaucoup) microbiens !
Microbiome
Le microbiome désigne l’ensemble du génome (c’est-à-dire l’ADN) bactérien présent dans un écosystème.
Symbiose
Ce terme tire son origine du grec syn = « ensemble » et bios = « vie ». Il désigne l’association biologique, durable et réciproquement profitable, entre deux organismes vivants. Lorsque tout va bien, notre écosystème microbien vit en symbiose avec notre écosystème humain. Mais cette symbiose, nécessaire si l’on veut rester en bonne santé, est fragile et nécessite des précautions au quotidien pour être préservée.
Dysbiose
Dans le vocabulaire du microbiote, le terme de dysbiose est important à connaître. Il désigne le déséquilibre du microbiote entraînant des conséquences symptomatiques ou constituant une situation à risque pour l’hôte. Il s’agit d’une perte de la symbiose. Dans ce cas, notre écosystème microbien n’est plus adapté à notre organisme humain (ou l’inverse). Cela peut alors entraîner divers problèmes de santé, allant de simples troubles du transit à de nombreuses maladies chroniques. Le terme dysbiose est également souvent employé pour décrire une altération ou un déséquilibre du microbiote, avec en général un appauvrissement du microbiote, c’est-à-dire une perte de la richesse et de la diversité en micro-organismes.
Probiotiques
L’OMS définit les probiotiques comme « des micro-organismes vivants qui exercent, lorsqu’ils sont administrés en quantité adéquate, un effet bénéfique sur la santé de l’hôte ». On a déjà dû vous conseiller d’en donner à votre enfant (ou pour vous-même) par exemple après une prise de traitement antibiotique ou pour améliorer certains troubles digestifs. En gros, ce sont bien souvent des bactéries (par exemple des lactobacilles ou des bifidobactéries) ou des levures, censées être bénéfiques pour la santé.
Malgré tout, ils ne sont pas tous équivalents et doivent vous être conseillés en fonction du profil de votre bébé et de l’indication (coliques du nourrisson, prévention de la diarrhée induite par les antibiotiques, gastroentérite…) et, si possible, en tenant compte des données scientifiques disponibles. Le plus souvent, les effets positifs sont transitoires, car ces micro-organismes bénéfiques ne vont pas s’implanter durablement dans votre côlon et sont juste de passage.
Prébiotiques
Les prébiotiques sont des « substrats qui sont utilisés sélectivement par les micro-organismes de l’hôte pour conférer des bénéfices sur la santé ». (1) En gros, c’est de la nourriture pour notre microbiote intestinal. On en trouve naturellement dans les fibres alimentaires (oligo ou polysaccharides, inuline), mais aussi dans le lait maternel (oligosaccharides du lait maternel).
La bonne nouvelle ? Plus on apporte de ces prébiotiques à notre organisme, plus notre microbiote intestinal va s’enrichir en micro-organismes et notamment en « bonnes » bactéries (bifidobactéries par exemple). Les aliments riches en fibres à « effet prébiotique » sont notamment la chicorée, l’artichaut, l’asperge, le poireau, le brocoli, le topinambour, l’ail, oignon, les légumineuses (pois, lentille, haricot sec…), la banane, la pomme, les fruits secs, les graines (chia, lin…), les céréales complètes, les noix et autres oléagineux… Pensez à en ajouter dans les assiettes de votre enfant (et les vôtres !). Ainsi, vos microbiotes vous diront merci et vous aideront à rester en bonne santé !
Symbiotiques
Il s’agit de l’association de prébiotiques et de probiotiques. Ce sont des micro-organismes vivants et de la nourriture pour ces micro-organismes. Ceci étant, cette combinaison doit être bénéfique à la santé de l’hôte pour être qualifiée de symbiotique. Actuellement, nous ne disposons encore que de peu de données sur l’efficacité clinique des symbiotiques.
Nous avons maintenant fait le tour du vocabulaire du microbiote. Vous savez tout (ou presque) et avez les clés principales pour prendre soin du microbiote de votre bébé (et du vôtre). Vous saurez notamment faire la différence entre les fameux prébiotiques et les probiotiques, où les trouver et comment les consommer. Bien sûr, si vous avez la moindre question, n’hésitez pas à demander conseil à votre médecin ou votre pharmacien.
(1) Gibson GR, Hutkins R, Sanders ME, et coll. Expert consensus document : The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of prebiotics. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology. 2017 ; 14 : 491–502. doi:10.1038/nrgastro.2017.75
FAQ
Qu'est-ce qu'un bactériophage ?
C’est un virus qui s’attaque spécifiquement aux bactéries, aussi appelé « phage ». Ce mécanisme naturel participe à l’équilibre global du microbiote intestinal.
Quelle bactérie est citée comme exemple de « mauvaise » bactérie ?
Escherichia coli, qui peut parfois déclencher des maladies. À l’inverse, les bifidobactéries font partie des « bonnes » bactéries qui facilitent la digestion et stimulent l’immunité.
De quoi se nourrissent les « bonnes » bactéries comme les bifidobactéries ?
Principalement de fibres et de végétaux. Cette alimentation spécifique explique pourquoi une alimentation riche en fibres favorise leur développement dans l’intestin.
De quoi se nourrissent les « mauvaises » bactéries ?
Elles raffolent du sucre et du gras. C’est justement en limitant ces apports que l’on peut freiner leur prolifération au profit des bonnes bactéries.
Plus de bonnes bactéries limite-t-il la prolifération des mauvaises ?
Oui, plus on a de « bonnes » bactéries, plus cela empêche la colonisation par les « mauvaises ». Cet équilibre, autrefois mal compris, fait aujourd’hui l’objet de nombreuses recherches depuis une vingtaine d’années.
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